Super User

Δημοσιεύσεις

Οι παρακάτω εργασίες αφορούν έρευνα που έγινε στα πλαίσια του μεταπτυχιακού προγράμματος Βιοπληροφορική και περιλαμβάνουν τουλάχιστον μία/έναν φοιτήτρια/φοιτητή του προγράμματος

Baltsavia, I., Theodosiou, T., Papanikolaou, N., Pavlopoulos, G.A., Amoutzias, G.D., Panagopoulou, M., Chatzaki, E., Andreakos, E. and Iliopoulos, I., 2022. Prediction and Ranking of Biomarkers Using multiple UniReD. International Journal of Molecular Sciences, 23(19), p.11112.
Karaglani, M., Panagopoulou, M., Baltsavia, I., Apalaki, P., Theodosiou, T., Iliopoulos, I., Tsamardinos, I. and Chatzaki, E., 2022. Tissue-Specific Methylation Biosignatures for Monitoring Diseases: An In Silico Approach. International Journal of Molecular Sciences, 23(6), p.2959.
Theodorakis, E., Antonakis, A.N., Baltsavia, I., Pavlopoulos, G.A., Samiotaki, M., Amoutzias, G.D., Theodosiou, T., Acuto, O., Efstathiou, G. and Iliopoulos, I., 2021. ProteoSign v2: a faster and evolved user-friendly online tool for statistical analyses of differential proteomics. Nucleic acids research, 49(W1), pp.W573-W577.
Vogiatzi, A., Baltsavia, I., Dialynas, E., Theodorou, V., Zhou, Y., Deligianni, E., Iliopoulos, I., Wilkie, A.O., Twigg, S.R. and Mavrothalassitis, G., 2021. Erf affects commitment and differentiation of osteoprogenitor cells in cranial sutures via the retinoic acid pathway. Molecular and Cellular Biology, 41(8), pp.e00149-21.
Vasileiou, D., Karapiperis, C., Baltsavia, I., Chasapi, A., Ahrén, D., Janssen, P.J., Iliopoulos, I., Promponas, V.J., Enright, A.J. and Ouzounis, C.A., 2023. CGG toolkit: Software components for computational genomics. PLOS Computational Biology, 19(11), p.e1011498.
Eptaminitaki, G.C., Zaravinos, A., Stellas, D., Panagopoulou, M., Karaliota, S., Baltsavia, I., Iliopoulos, I., Chatzaki, E., Iliopoulos, D. and Baritaki, S., 2023. Genome-Wide Analysis of lncRNA-mRNA Co-Expression Networks in CD133+/CD44+ Stem-like PDAC Cells. Cancers, 15(4), p.1053.
Vasilarou, M., Alachiotis, N., Garefalaki, J., Beloukas, A. and Pavlidis, P., 2021. Population genomics insights into the first wave of COVID-19. Life, 11(2), p.129.
Kioukis, A., Michalopoulou, V.A., Briers, L., Pirintsos, S., Studholme, D.J., Pavlidis, P. and Sarris, P.F., 2020. Intraspecific diversification of the crop wild relative Brassica cretica Lam. using demographic model selection. BMC genomics, 21, pp.1-14.
Litos, A., Intze, E., Pavlidis, P. and Lagkouvardos, I., 2022. Cronos: A Machine Learning Pipeline for Description and Predictive Modeling of Microbial Communities Over Time. Frontiers in Bioinformatics, 2, p.866902.
Papadantonakis, S., Poirazi, P. and Pavlidis, P., 2016. CoMuS: simulating coalescent histories and polymorphic data from multiple species. Molecular ecology resources, 16(6), pp.1435-1448.
Natsidis, P., Tsakogiannis, A., Pavlidis, P., Tsigenopoulos, C.S. and Manousaki, T., 2019. Phylogenomics investigation of sparids (Teleostei: Spariformes) using high-quality proteomes highlights the importance of taxon sampling. Communications Biology, 2(1), p.400.
George Potamias, Polymnia Gkoublia and Alexandros Kanterakis. The two-stage molecular scenery of SARS-CoV-2 infection with implications to disease severity: An in-silico quest”. Frontiers in Immunology-Viral Immunology
Kyriakis, Dimitrios, Alexandros Kanterakis, Tereza Manousaki, Alexandros Tsakogiannis, Michalis Tsagris, Ioannis Tsamardinos, Leonidas Papaharisis, Dimitris Chatziplis, George Potamias, and Costas S. Tsigenopoulos. "Scanning of genetic variants and genetic mapping of phenotypic traits in gilthead sea bream through ddRAD sequencing." Frontiers in genetics 10 (2019): 675.
Astrinaki, Maria, Alexandros Kanterakis, Helen Latsoudis, George Potamias, and Dimitris Kafetzopoulos. "Zazz: Variant Annotation and Exploration of Next Generation Sequencing Variants." In 2019 IEEE 19th International Conference on Bioinformatics and Bioengineering (BIBE), pp. 856-860. IEEE, 2019.
Ioannis Giannoulakis, Alexandros Kanterakis, Konstantina Pityanou, George Potamias, Ioannis Iliopoulos. A graph representation of the individual exome variation with evidence from biomedical text corpora. ISMB/ECCB 2021 conference (virtual).
Danai Maria Kotzampasi, Alexandros Kanterakis2, Vangelis Daskalakisand George Potamias. Correlation between CYP2D6 variants and their metabolic activity by Molecular Dynamics Simulations. ISMB/ECCB 2021 conference (virtual).
Kosmara D, Papanikolaou S, Nikolaou C, Bertsias G. Extensive Alternative Splicing Patterns in Systemic Lupus Erythematosus Highlight Sexual Differences. Cells. 2023 Nov 22;12(23):2678. doi: 10.3390/cells12232678.PMID: 38067106
Tassios E, Nikolaou C, Vakirlis N. Intergenic Regions of Saccharomycotina Yeasts are Enriched in Potential to Encode Transmembrane Domains. Mol Biol Evol. 2023 Mar 4;40(3):msad059. doi: 10.1093/molbev/msad059.PMID: 36917489
Athanasouli P, Balli M, De Jaime-Soguero A, Boel A, Papanikolaou S, van der Veer BK, Janiszewski A, Vanhessche T, Francis A, El Laithy Y, Nigro AL, Aulicino F, Koh KP, Pasque V, Cosma MP, Verfaillie C, Zwijsen A, Heindryckx B, Nikolaou C, Lluis F. The Wnt/TCF7L1 transcriptional repressor axis drives primitive endoderm formation by antagonizing naive and formative pluripotency. Nat Commun. 2023 Mar 3;14(1):1210. doi: 10.1038/s41467-023-36914-1.PMID: 36869101
Stavropoulou A, Tassios E, Kalyva M, Georgoulopoulos M, Vakirlis N, Iliopoulos I, Nikolaou C. Distinct chromosomal "niches" in the genome of Saccharomyces cerevisiae provide the background for genomic innovation and shape the fate of gene duplicates. NAR Genom Bioinform. 2022 Nov 14;4(4):lqac086. doi: 10.1093/nargab/lqac086. eCollection 2022 Dec.PMID: 36381424
Papanikolaou S, Bertsias GK, Nikolaou C. Extensive Changes in Transcription Dynamics Reflected on Alternative Splicing Events in Systemic Lupus Erythematosus Patients. Genes (Basel). 2021 Aug 18;12(8):1260. doi: 10.3390/genes12081260.PMID: 34440434
Karagianni N, Kranidioti K, Fikas N, Tsochatzidou M, Chouvardas P, Denis MC, Kollias G, Nikolaou C. An integrative transcriptome analysis framework for drug efficacy and similarity reveals drug-specific signatures of anti-TNF treatment in a mouse model of inflammatory polyarthritis. PLoS Comput Biol. 2019 May 9;15(5):e1006933. doi: 10.1371/journal.pcbi.1006933. eCollection 2019 May.PMID: 31071076
Tsochatzidou M, Malliarou M, Papanikolaou N, Roca J, Nikolaou C. Genome urbanization: clusters of topologically co-regulated genes delineate functional compartments in the genome of Saccharomyces cerevisiae. Nucleic Acids Res. 2017 Jun 2;45(10):5818-5828. doi: 10.1093/nar/gkx198.PMID: 28369650
Malakasis, N., Chavlis, S. and Poirazi, P., 2023. Synaptic turnover promotes efficient learning in bio-realistic spiking neural networks. bioRxiv, pp.2023-05.

Tagged under:

Published in Ελληνικά

Τερέζα Μανουσάκη

Τερέζα Μανουσάκη

Tagged under:

Published in Ανθρώπινο δυναμικό

Προσφερόμενα μαθήματα

Μεταπτυχιακό πρόγραμμα Βιοπληροφορικής

Προσφερόμενα μαθήματα 1ου, 2ου (Υποχρεωτικά) και 3ου εξαμήνου (Επιλογής)

1ο Εξάμηνο Σπουδών

ΒΙΟ-101.1

Εισαγωγή στα μαθηματικά - Γραμμική άλγεβρα

Σύντομη περιγραφή:

Πίνακες, διανύσματα ( • Διανύσματα και πράξεις διανυσμάτων, • Πίνακες και πράξεις πινάκων,

• Γραμμικοί συνδυασμοί διανυσμάτων, • Αντιστρέψιμοι πίνακες)

Γραμμικά συστήματα ( • Απαλοιφή Gauss, • Πλήρης λύση m x n συστήματος, • Τάξη πίνακα,

• Ανάλυση LDU)

Ορίζουσα ( • Ορισμός, ιδιότητες, • Υπολογισμός ορίζουσας, • Προσαρτημένος (adjoint) πίνακας, αντίστροφος, • Κανόνας του Cramer, • Εμβαδό, όγκος)

Διανυσματικοί χώροι ( • Υπόχωροι, κριτήριο υποχώρου, • Παραγωγή υπόχωρου, • Γραμμική ανεξαρτησία, • Βάση, διάσταση, • Μηδενόχωρος, χώρος στηλών πίνακα)

Γραμμικές απεικονίσεις ( • Ορισμός, ιδιότητες, • Πράξεις γραμμικών απεικονίσεων, • Πυρήνας, εικόνα

• Πίνακας γραμμικής απεικόνισης, • Σύνθεση γραμμικών απεικονίσεων)

Ιδιοτιμές, Ιδιοδιανύσματα ( • Ορισμός, ιδιότητες, • Χαρακτηριστικό πολυώνυμο, • Ιδιόχωροι,

• Αλγεβρική και γεωμετρική πολλαπλότητα, • Διαγωνιοποίηση πίνακα)

Ορθογωνιότητα ( • Εσωτερικό γινόμενο, • Προβολή, • Ορθογωνιοποίηση Gram-Schmidt, • Ανάλυση QR)

ΒΙΟ-101.2

Θεωρία πιθανοτήτων και Στατιστική

Σύντομη περιγραφή:

Θεωρία Πιθανοτήτων. Γεγονότα και Χώρος γεγονότων; Βασικά στοιχεία Συνδυαστικής Πράξεις, νόμοι Πιθανοτήτων και ανεξαρτησία γεγονότων; Γενετικά γενεαλογικά δένδρα και πιθανότητες; Ανισορροπία σύνδεσης (linkage disequilibrium) και πιθανότητες; Ισορροπία κατά HW και πιθανότητες; Δεσμευμένη πιθανότητα, ο νόμος της ολικής πιθανότητας, ο κανόνας του Baye’s; Ευαισθησία/Ειδικότητα κλινικών τεστ Βιοδείκτες και πιθανότητες; Τυχαίες μεταβλητές και (διακριτές) Κατανομές Πιθανοτήτων, Αναμενόμενη/Μέση τιμή τυχαίων μεταβλητών; Από-κοινού τυχαίες μεταβλητές, Συνδιακύμανση και Συσχέτιση τυχαίων μεταβλητών; Στοιχεία γραφοθεωρίας και Βιολογικά Δίκτυα. Πιθανοθεωρητική μοντελοποίηση στην αντιμετώπιση Βιολογικών και Ιατρικών προβλημάτων.

Στατιστική. Γραφικές αναπαραστάσεις δεδομένων; Τυχαίες μεταβλητές και (συνεχείς) κατανομές; Τύποι δειγματοληψίας και σχεδιασμού; Εκτίμηση μέσω maximum likelihood; Έλεγχος υποθέσεων και Διαστήματα Εμπιστοσύνης (για μέσα και αναλογίες); Σφάλματα τύπου Ι/ΙΙ και p-τιμές.; Έλεγχος υποθέσεων μέσω υπολογιστικών τεχνικών (bootstrap και permutation); Συσχετίσεις για συνεχείς μεταβλητές (συντελεστές Pearson και Spearman), συσχέτιση κατηγορικών μεταβλητών (Chi-squared τεστ ανεξαρτησίας); Γραμμική παρεμβολή (linear regression); Μέθοδοι ψευδούς ανακάλυψης στον έλεγχο πολλαπλών υποθέσεων.

ΒΙO-102.1

Βάσεις δεδομένων μεγάλου όγκου βιοϊατρικού περιεχομένου

Σύντομη περιγραφή:

Αναλυτική αρουσίαση βάσεων δεδομένων βιολογικών δεδομένων με έμφαση στην δυνατότητα αναζήτησης και μεταφόρτωσης σετ σχετικών δεδομένων καθώς και περιγραφή της δομής τους. Ιδιαίτερη αναφορά στο οικοσύστημα βάσεων δεδομένων του NCBI και την γλώσσα αναζήτησης Entrez, της Ensembl και της Ensembl genomes, του UCSC, της ENCODE και των KEGG, STRING , STITCH καθώς και των API τους και των τρόπο για μαζική ανάκτηση δεδομένων (πχ Biomart)

ΒΙO-102.2

Εισαγωγή στο Linux

Σύντομη περιγραφή:

Κατά τη διάρκεια του μαθήματος οι φοιτητές θα μάθουν:

Το γραφικό περιβάλλον του Linux
Η γραμμή εντολών και οι κυριότερες εντολές με στόχο τόσο την διαχείρηση του μηχανήματος όσο και την καθημερινή χρήση σε βιοπληροφορικά προβλήματα
Εκτέλεση προγραμμάτων για βιοπληροφορικές αναλύσεις, τόσο προγράμματα που έχουν οι ίδιοι υλοποιήσει όσο και προγραμμάτων που βρίσκουμε στο github ή σεά λλες βάσεις
Αντιμετώπιση προβλημάτων βιοπληροφορικής φύσης

Φυλογένεση, blast, ng

COMP-101

Βασικές αρχές Κυτταρικής και Μοριακής Βιολογίας

Σύντομη περιγραφή:

Στα πλαίσια αυτού του μαθήματος οι φοιτητές/τριες του μεταπτυχιακού προγράμματος Βιοπληροφορικής διδάσκονται τις βασικές αρχές της κυτταρικής και μοριακής βιολογίας και σύγχρονες μεθοδολογικές προσεγγίσεις για την ανάλυση λειτουργικών δομών και οργανιδίων του κυττάρου. Απώτερος στόχος του μαθήματος είναι να συμβάλλει στην κατανόηση των βασικών μηχανισμών που διέπουν τη δομή και λειτουργία του κυττάρου.

Χημική σύσταση των κυττάρων – Μακρομόρια, Δομή DNA και χρωματίνης, Αντιγραφή και επιδιόρθωση DNA, Μεταγραφή – Μετάφραση, Ανάλυση του DNA και του γονιδιώματος, Γενετική μηχανική - Δημιουργία διαγονιδιακών ζώων, Γονιδιωματική και μεταγραφομική (Genomics-transcriptomics), Πρωτεΐνες: Δομή και λειτουργία/ Εργαλεία ανάλυσης πρωτεϊνικής δομής και λειτουργίας, Κυτταρική βιολογία: Κυτταρικά οργανίδια- Κυτταρικός κύκλος

COMP-102.1

Εισαγωγή στη Γενετική

Σύντομη περιγραφή:

Η χρωματοσωμική βάση της κληρονομικότητας. Δομή και λειτουργία χρωματοσωμάτων & γονιδίων.
Διαδικτυακά εργαλεία: Pubmed/OMIM. Μονογονιδιακή Κληρονόμηση. Εργαλεία Μοριακής Γενετικής. Γενετική ποικιλία, πολυμορφισμός και μεταλλαγή.

Το ανθρώπινο γονιδίωμα: Χαρτογράφηση, ανάλυση
σύνδεσης, προσδιορισμός αλληλουχίας. Γενετικά αποτυπώματα και ιατροδικαστική.
Γενετική του καρκίνου. Ασκήσεις Γενετικής.

COMP-102.2

Εισαγωγή στην Εξελικτική Βιολογία

Σύντομη περιγραφή:

Το μάθημα περιλαμβάνει μια εισαγωγή στις βασικές έννοιες τις εξελικτικής βιολογίας όπως στους μηχανισμούς της εξέλιξης των πληθυσμών, την εξέλιξη των γονιδιωμάτων, την ειδογένεση, τη φυλετική επιλογή και την αναπτυξιακή εξελικτική βιολογία.

2ο Εξάμηνο Σπουδών

BC-201

Εισαγωγή στον προγραμματισμό με Python

Σύντομη περιγραφή:

Το μάθημα είναι μία εισαγωγή στον προγραμματισμό μέσω της γλώσσας python. Επικεντρώνεται στη διδασκαλία της γλώσσας, στην υιοθέτηση σωστών προγραμματιστικών πρακτικών και εισάγει στη ανάλυση μεγάλων δεδομένων.

BC-202

Εισαγωγή στην R για Βιοπληροφορική

Σύντομη περιγραφή:

Το μάθημα “εισαγωγή στην R για βιοπληροφορικη “ στοχεύει στην εξοικείωση των φοιτητών με την γλώσσα προγραμματισμού R για την ανάλυση γενετικών δεδομένων. Συγκεκριμένα στην ανάλυση τόσο αλληλουχιων DNA και RNA όσο και στην ανάλυση ποσοτικων δεδομένων όπως τιμών έκφρασης γονιδίων

BC-203

Μέθοδοι για ανάλυση βιοϊατρικών δεδομένων

Σύντομη περιγραφή:

Μέθοδοι Ανάλυσης Δεδομένων στη Βιοπληροφορική με χρήση μηχανικής μάθησης. Δεδομένα σε πολλές διαστάσεις. Ανάλυση και οπτικοποίηση τους με μεθόδους μείωσης διαστάσεων (dimensionality reduction). Principal Component Analysis (PCA) .Kernel Methods και Kernel PCA

Ομαδοποίηση/Κατηγοριοποίηση δεδομένων - clustering algorithms. Η μέθοδος K-means και K-medoids

Μοντέλα Πιθανοτήτων (Probabilistic models): probabilistic PCA and Gaussian Mixture Models. Εύρεση μεταβλητών της μέγιστης πιθανοφάνειας με χρήση του EM αλγορίθμου.

Εργασίες με αληθινά δεδομένα και χρήση των αλγορίθμων.

BC-204

Ανάλυση δεδομένων τεχνολογιών omics

Σύντομη περιγραφή :

Συγκριτική παρουσίαση τεχνικών αλληλούχισης DNA. Ποιοτικός έλεγχος παραγώμενων αναγνωσμάτων. Τεχνικές συναρμολόγησης γονιδιωμάτων (προκαρυωτικών και ευκαρυωτικών οργανισμών). Μεταγραφωματική ανάλυση (RNA-Seq) . ChIP-Seq, δομή χρωματίνης.Επιγενετικές τροποποιήσεις.

BC-205

Αλγόριθμοι στη Βιοπληροφορική

Σύντομη περιγραφή:

Το μάθημα διαρθρώνεται σε 10 θεματικές ενότητες που καλύπτουν 13 εκπαιδευτικές εβδομάδες και οι οποίες είναι οι εξής:
1. Εισαγωγή στους Αλγορίθμους. Είδη αλγορίθμων, Πολυπλοκότητα, Επανάληψη και Αναδρομή.
2. Ανάλυση Βιολογικών Αλληλουχιών. Αλγόριθμοι Ανάλυσης Σύστασης Αλληλουχιών. Τεχνικές hashing.
3. Μοτίβα Αλληλουχιών Ι. Προσδιορισμός και Εντοπισμός Μοτίβων. Εντροπία Shannon.
4. Μοτίβα Αλληλουχιών ΙΙ. Ανακάλυψη Νέων Μοτίβων. Αλγόριθμος Gibbs Sampling.
5. Στοίχιση Αλληλουχιών. Ζευγαρωτή Στοίχιση. Αλγόριθμοι Needlemann-Wunsch και Smith Waterman. Tεχνικές Δυναμικού Προγραμματισμού
6. Ταχείες Αναζητήσης Ομοιότητας Αλληλουχιών. Αλγόριθμοι String Matching (KMP, BM). Αλγόριθμοι FASTA, BLAST.
7. Αλγόριθμοι Ανάλυσης Δεδομένων Αλληλούχισης Νέας Γενιάς (NGS). Suffix Trees και Burrows-Wheeler Transform.
8. Ανάλυση Δεδομένων Γονιδιωματικών Συντεταγμένων. Bedtools.
9. Βιολογικά Δίκτυα. Εισαγωγή και Βασικές Τοπολογικές και Στατιστικές Ιδιότητες Δικτύων.
10. Αλγόριθμοι Ανάλυσης Δικτύων και Εφαρμογές σε Βιολογικά Δίκτυα. Αλγόριθμοι DFS/BFS. Αλγόριθμος Dijkstra. Τεχνικές Ομαδοποίησης Δικτύων.

3ο Εξάμηνο Σπουδών - Μαθήματα Επιλογής

BC-301

Βιοπληροφορική για μικροβιωματικές μελέτες βασισμένες σε δεδομένα αμπλικονίων.

Σύντομη περιγραφή:

Εισαγωγή στην μικροβιωματική.

Εφαρμογές βιοπληροφορικής στην μικροβιωματική.

Ανατομία μιας μελέτης μικροβιώματος βασισμένης στα αμπλικόνια.

Βήματα για την επεξεργασία πρωτογενών δεδομένων μελετών μικροβιώματος.

Ανάπτυξη προγραμματιστικών ροών για την επεξεργασία πρωτογενών δεδομένων.

Αρχές μικροβιακής οικολογίας και ερωτήματα σχετικά με μελέτες μικροβιώματος.

Εργαλεία για την ανάλυση και οπτικοποίηση μικροβιωματικών δεδομένων.

BC-302

Ειδικά θέματα Στατιστικής ΙΙ

Σύντομη περιγραφή:

Το μάθημα ξεκινά με μία εισαγωγή στη στατιστική, βασικούς ορισμούς όπως τι είναι μια τυχαία μεταβλητή, τι είναι κατανομή και συνεχίζει με εκτίμηση παραμέτρων μέσω μέγιστης πιθανοφάνειας. Εν συνεχεία παρουσιάζονται έλεγχοι υποθέσεων (ασυμπτωτικές και υπολογιστικά ακριβές τεχνικές) και διαστήματα εμπιστοσύνης. Ακολουθεί η συσχέτιση μεταξύ δύο τυχαίων μεταβλητών, η τεχνική της παλινδρόμησης (γραμμικής, εύρωστης γραμμικής και μη γραμμικής), καθώς και ο έλεγχος ανάλυσης διακύμανσης. Στο μεγαλύτερο μέρος του μαθήματος γίνεται χρήση της στατιστικής γλώσσας R.

BC-303

Γονιδιωματική και εξέλιξη (Μέθοδοι και εξέλιξη γονιδιωμάτων)

Σύντομη περιγραφή:

Εισαγωγή στην εποχή της γονιδιωματικής με πλήρη περιγραφή των βιοπληροφορικών προσεγγίσεων για την κατασκευή γονιδιωμάτων αναφοράς, τον χαρακτηρισμό των γονιδίων τους, τη μελέτη της φυλογενετικής τους σχέσης με χρήση ολόκληρου του γονιδιώματος, την σύγκριση της συνταινίας τους και την κατανόηση της εξέλιξης τους με βάση την εξελικτική πορεία κάθε ομάδας.

BC-304

Λειτουργική Πρωτεϊνωματική και Βιολογία Συστημάτων

Σύντομη περιγραφή:

Το μάθημα έχει ως βασικό μαθησιακό στόχο την εισαγωγή στους μεταπτυχιακούς φοιτητές στις βασικές αρχές της λειτουργικής πρωτεϊνωματικής ανάλυσης και της βιολογίας συστημάτων καθώς και στην εξοικείωσή τους στις βασικές μεθόδους που χρησιμοποιούνται με έμφαση στα εργαλεία βιοπληροφορικής ανάλυσης. Τα δύο αυτά πεδία αιχμής της σύγχρονης έρευνας στις βιολογικές και βιοιατρικές επιστήμες, εξελίσσονται διαρκώς προσπαθώντας να κατανοήσουν με λεπτομέρια και ακρίβεια την λειτουργία πολύπλοκων βιολογικών συστημάτων που απαιτείται για την ανάπτυξη εφαρμογών σε διαφορετικά πεδία αιχμής σε όλες τις Επιστήμες Ζωής (Βιοχημεία, Βιολογία, Ιατρική, Φαρμακευτική, Κτηνιατρική), αλλά και σε άλλες επιστήμες, όπως Χημεία, Αρχαιολογία, Οικολογία, Περιβαλλοντική Χημεία, Δασολογία, Αγροδιατροφή κ.α.. Στο πλαίσιο του μαθήματος θα περιγραφούν όλες οι τρέχουσες μεθοδολογίες (wet and dry lab, in silico) λειτουργικής πρωτεϊνωματικής ανάλυσης και της βιολογίας συστημάτων με παραδείγματα εφαρμογών σε διαφορετικά επιστημονικά πεδία. Οι μεταπτυχιακοί φοιτητές θα έχουν την δυνατότητα να δουν με λεπτομέρια τα σύγχρονα βιοπληροφορικά εργαλεία και τις βάσεις δεδομένων που είναι διαθέσιμα και θα εκπαιδευτούν στην χρήση τους μέσα από συγκεκριμένα παραδείγματα. Η αξιολόγηση των φοιτητών θα γίνει με μικρές εργασίες ανά θεματική ενότητα (4 μικρές εργασίες) και μία τελική εργασία την οποία θα παρουσιάσουν στο τέλος του μαθήματος. Για την καλύτερη εκπαίδευση των φοιτητών θα δωθούν σημειώσεις, παρουσιάσεις, βιβλιογραφία και σύνδεσμοι στο διαδίκτυο με εκπαιδευτικό οπτικοακουστικό υλικό.

BC-305

Απαντήσεις σε βιολογικά ερωτήματα με την χρήση σύγχρονων μεθόδων αλληλούχισης DNA: Από τον πάγκο του εργαστηρίου στην ανάλυση των δεδομένων

Σύντομη περιγραφή:

Το μάθημα περιλαμβάνει θεματικές ενότητες: 1) Γενετική ανάλυση και απάντηση κλινικών ερωτημάτων με – GWAS – Exome Sequencing – Whole Genome Sequencing, 2) RNA-seq και ανάλυση μεταγραφώματος – Single Cell RNA-seq και βιολογική ετερογένεια – Μη κωδικοποιό γονιδίωμα, 3) Δομή της χρωματίνης – Επιγενετική – Μεταγραφική Ρύθμιση, 4) Δομή του πυρήνα – Οργάνωση του γονιδιώματος – Τεχνολογίες χαρτογράφησης δομής του πυρήνα και ερωτήματα που απαντούν.

BC-306

Σχεσιακές βάσεις δεδομένων

Σύντομη περιγραφή:

Οι σχεσιακές βάσεις δεδομένων αποτελούνται από συσχετισμένους πίνακες δεδομένων και μηχανισμούς που παρέχουν την εισαγωγή, εύρεση, και διαγραφή δεδομένων. Θα χρησιμοποιήσουμε το ανοικτού κώδικα σύστημα διαχείρισης βάσεων δεδομένων MariaDB ξεκινώντας με την εγκατάσταση και παραμετροποίηση του συστήματος. Στην συνέχεια, θα σχεδιάσουμε μία βάση δεδομένων ορίζοντας τους πίνακες από τους οποίους θα αποτελείται και τις μεταξύ τους σχέσεις. Μετά την εισαγωγή δεδομένων στους πίνακες, θα δούμε πώς μπορούμε να αναζητήσουμε και να διαγράψουμε δεδομένα. Έπειτα, θα χρησιμοποιήσουμε διάφορες
συναρτήσεις για να μετασχηματίσουμε δεδομένα και να εξάγουμε παραμετροποιημένα συγκεντρωτικά αποτελέσματα.
Στην τελευταία ενότητα, θα αναλυθεί η δομή της βάσης δεδομένων της Ensembl και θα χρησιμοποιήσουμε τα δεδομένα που περιέχει για δομήσουμε σύνθετα ερωτήματα.

BC 311

Εισαγωγή στον λειτουργικό εμπλουτισμό και την ανάλυση βιολογικών δικτύων

Σύντομη περιγραφή:

Introduction to Networks and their Biology
The introduction to networks and graph theory for biomolecular networks.
Introduction to big public data repositories that enable the study of networks in biology.
Practical: Introduction to network analysis with Cytoscape
First yet thorough introduction to visualisation and analytical techniques in the Cytoscape suite. Starting from a simple E.coli regulatory networks build graphics that are both easier to read and provide direct new knowledge.
Introduction to Enrichments
Introduction to the statistics behind enrichment methods.
Presentation and explanations of the history an usability af 3-4 main enrichment analysis consortia.
Practical
What can you do with your gene list of interest?
Functional analysis of biological networks
Introduction to data driven functional analysis of biomolecular networks. Tools, resources and databases.
Techniques and tools on how starting from a high-throughput dataset new biological knowledge can be generated and presented
Practical: Functional Enrichment, Advanced Cytoscape
A practical combining all the 3 aspects of the course (data analysis, enrichments and network analysis) in a synthesising exercise.

Tagged under:

Published in Γενικά

Παύλος Παυλίδης

Παύλος Παυλίδης

Tagged under:

personnel

Published in Ανθρώπινο δυναμικό

Προκήρυξη 2020-2021

ΑΝΑΡΤΗΤΕΑ ΣΤΟ ΔΙΑΔΙΚΤΥΟ

Ηράκλειο 08/04/2020

Αριθ. Πρωτ.: 3737

Θέμα: Εισαγωγή πτυχιούχων στο Διιδρυματικό Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών «Bιοπληροφορική» της Ιατρικής Σχολής του Πανεπιστημίου Κρήτης σε συνεργασία με το ΙΤΕ, για το ακαδημαϊκό έτος 2020-2021

Η Ιατρική Σχολή του Πανεπιστημίου Κρήτης σε συνεργασία με το Ίδρυμα Τεχνολογίας και Έρευνας (ΙΤΕ), οργανώνει και λειτουργεί Διιδρυματικό Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών στη «Bιοπληροφορική» σε εφαρμογή του ν.4485/2017 (ΦΕΚ Επανίδρυσης 1659Β’/11-5-2018 & ΦΕΚ Κανονισμού 2368Β’/21-6-2018), το οποίο οδηγεί στην απόκτηση Διπλώματος Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΔΜΣ) στην Bιοπληροφορική.

Αντικείμενο του Προγράμματος είναι η παροχή υψηλού επιπέδου μεταπτυχιακής εκπαίδευσης στη Βιοπληροφορική. Πρωταρχικός σκοπός του Προγράμματος είναι η δημιουργία επιστημόνων με υψηλό επίπεδο κατάρτισης στο επιστημονικό πεδίο της Βιοπληροφορικής. Συγκεκριμένα το Πρόγραμμα θα προετοιμάζει τους φοιτητές και θα τους παρέχει εμπειρία και τεχνογνωσία είτε να ακολουθήσουν μια σταδιοδρομία στον ιδιωτικό τομέα, σε εργαστήρια που χρειάζονται επιστήμονες με γνώσεις Βιοπληροφορικής για ανάλυση μεγάλου όγκου Βιοϊατρικών δεδομένων, είτε στη δημιουργία επιστημόνων που θα μπορούν να ασχοληθούν με την έρευνα και με τη διδασκαλία στο χώρο της Βιοπληροφορικής στον ακαδημαϊκό/ερευνητικό τομέα και στην απόκτηση διδακτορικού διπλώματος.

Η διάρκεια φοίτησης για την απόκτηση του τίτλου ΔΜΣ είναι τέσσερα (4) ακαδημαϊκά εξάμηνα. Ως Γλώσσα του Προγράμματος τόσο στη διδασκαλία όσο και στη συγγραφή της μεταπτυχιακής εργασίας ορίζεται η ελληνική ή/και η αγγλική.

Δεκτοί γίνονται: Στο Πρόγραμμα γίνονται δεκτοί πτυχιούχοι Τμημάτων πανεπιστημίων της ημεδαπής ή ομοταγών Ιδρυμάτων της αλλοδαπής, ενδεικτικά προερχόμενοι από τα Τμήματα:

(α) Ιατρικής, Οδοντιατρικής, Φαρμακευτικής, Νοσηλευτικής και άλλων συναφών Τμημάτων Επιστημών Υγείας.

(β) Βιολογίας, Φυσικής, Μαθηματικών, Χημείας και άλλων Τμημάτων συναφών αντικειμένων.

(γ) Επιστήμης Υπολογιστών, Πληροφορικής, Τμημάτων Πολυτεχνικών Σχολών ή και άλλων Τμημάτων συναφών αντικειμένων, καθώς και Τμημάτων Τ.Ε.Ι συναφών με το πρόγραμμα αντικειμένων.

Αίτηση μπορούν να υποβάλουν και τελειόφοιτοι φοιτητές που αναμένεται να έχουν ολοκληρώσει τις σπουδές τους πριν τις εγγραφές στο ΔΠΜΣ.

Ο αριθμός των εισακτέων ορίζεται κατ’ ανώτατο όριο σε είκοσι (20) φοιτητές ετησίως.

Στην επιλογή προσμετρώνται τα ακόλουθα κριτήρια:

1) ο βαθμός του πτυχίου

2) η βαθμολογία στα προπτυχιακά μαθήματα τα σχετικά με το ΔΠΜΣ

3) η επίδοση στην διπλωματική εργασία εάν αυτή προβλέπεται στο προπτυχιακό επίπεδο σπουδών

4) η τυχόν ερευνητική/επαγγελματική δραστηριότητα του/της υποψηφίου/ας

5) η αξιολόγηση συστατικών επιστολών

6) η τεκμηρίωση επαρκούς γνώσης Αγγλικής (γνώση της αγγλικής γλώσσας σε επίπεδο τουλάχιστον Β2 με βάση το Κοινό Ευρωπαϊκό πλαίσιο αναφοράς για τις γλώσσες)

7) τα αποτελέσματα της προσωπικής συνέντευξης

8) επιστολή εκδήλωσης ενδιαφέροντος του υποψηφίου και

9) γενικότερα προσόντα όπως προκύπτουν από το βιογραφικό του/της υποψηφίου/ας

Η προφορική συνέντευξη αποβλέπει στη διαπίστωση του κατά πόσο τα προσόντα που αναφέρονται στα υποβληθέντα δικαιολογητικά και στις συστατικές του επιστολές ανταποκρίνονται στη γενική κατάρτιση και τις ικανότητες του υποψήφιου.

Τέλη Φοίτησης και Υποτροφίες:

Το Πρόγραμμα δεν προβλέπει τέλη φοίτησης ή υποτροφίες. Ενθαρρύνει τους φοιτητές να διεκδικήσουν ανταγωνιστική χρηματοδότηση των μεταπτυχιακών τους σπουδών είτε από την Ιατρική Σχολή του Πανεπιστημίου Κρήτης είτε από διάφορα Ιδρύματα και Ερευνητικά Ινστιτούτα της ημεδαπής ή της αλλοδαπής.

Υποβολή Αίτησης και Δικαιολογητικών

Υποβολή της αίτησης και των δικαιολογητικών γίνεται MONO ηλεκτρονικά μέσω της ιστοσελίδας https://postgrad.cict.uoc.gr στην οποία οι υποψήφιοι θα πρέπει να δημιουργήσουν λογαριασμό χρήστη, να επεξεργαστούν την αίτησή τους, να επισυνάψουν (upload) τα δικαιολογητικά τους και να την υποβάλλουν οριστικά πριν τη λήξη της προθεσμίας.

Οι ενδιαφερόμενοι καλούνται να υποβάλλουν:

1. Αίτηση συμμετοχής στην ιστοσελίδα https://postgrad.cict.uoc.gr και τα παρακάτω πιστοποιητικά ή αρχεία

2. Για πτυχιούχους:

2.1. Αντίγραφο Πτυχίου και

2.2. Πιστοποιητικό αναλυτικής βαθμολογίας μαθημάτων Για πτυχιούχους Πανεπιστημίων του εξωτερικού Επιπρόσθετα καλούνται να υποβάλλουν πιστοποιητικό ισοτιμίας ή/και αντιστοιχίας του πτυχίου τους από τον Δ.Ο.Α.Τ.Α.Π. ή αντίγραφο της αίτησης που έχει κατατεθεί στον Δ.Ο.Α.Τ.Α.Π. (Η ισοτιμία θα πρέπει να να έχει γίνει αποδεκτή πριν το πέρας των σπουδών).

Για τελειόφοιτους:

Υποβάλλουν μόνο Πιστοποιητικό αναλυτικής βαθμολογίας μαθημάτων και Βεβαίωση περάτωσης σπουδών (εφόσον υπάρχει)

3. Πιστοποιητικό γνώσης Αγγλικής γλώσσας σε επίπεδο τουλάχιστον Β2 ή εναλλακτικά τίτλο σπουδών από Εκπαιδευτικό Ίδρυμα αγγλόφωνης χώρας ή αγγλόφωνου προγράμματος σπουδών

4. Αποδεικτικά επαγγελματικής ή ερευνητικής δραστηριότητας και διακρίσεων π.χ. επαγγελματικές πιστοποιήσεις, βραβεία, υποτροφίες αριστείας, κ.α.

5. Κατάλογο δημοσιεύσεων και εργασιών σε συνέδρια εφόσον υπάρχουν (δείτε οδηγίες στο αρχείο ΔΗΜΟΣΙΕΥΣΕΙΣ που συνοδεύει την προκήρυξη)

6. Έκθεση εκδήλωσης ενδιαφέροντος (1 σελίδα) στην οποία οι υποψήφιοι καλούνται να συνοψίσουν τους λόγους επιλογής του συγκεκριμένου προγράμματος μεταπτυχιακών σπουδών.

7. Δύο (2) συστατικές επιστολές οι οποίες θα σταλούν απ’ ευθείας στη γραμματεία (βλ. παρακάτω) από τους συντάκτες και όχι από τους υποψηφίους.

8. Φωτογραφία

Για τα σαρωμένα πιστοποιητικά και τα αρχεία

Μπορείτε να επισυνάψετε μόνο αρχεία τύπου pdf. Μέγιστο επιτρεπόμενο μέγεθος κάθε αρχείου = 2MB. Συνολικό μέγιστο επιτρεπόμενο μέγεθος αρχείων = 20MB.

Για τη Φωτογραφία

Μπορείτε να επισυνάψετε αρχεία τύπου: .png, .jpeg

Μέγιστο Μέγεθος: 2MB

Διαστάσεις: 200px x 200px

Για τις Συστατικές Επιστολές

Οι συστατικές επιστολές πρέπει να σταλούν με e-mail και πρέπει να πληρούνται οι παρακάτω προϋποθέσεις. Η αποστολή του e-mail θα πρέπει:

1. να γίνει από τον συντάκτη της συστατικής στις διευθύνσεις Αυτή η διεύθυνση ηλεκτρονικού ταχυδρομείου προστατεύεται από τους αυτοματισμούς αποστολέων ανεπιθύμητων μηνυμάτων. Χρειάζεται να ενεργοποιήσετε τη JavaScript για να μπορέσετε να τη δείτε. KAI Αυτή η διεύθυνση ηλεκτρονικού ταχυδρομείου προστατεύεται από τους αυτοματισμούς αποστολέων ανεπιθύμητων μηνυμάτων. Χρειάζεται να ενεργοποιήσετε τη JavaScript για να μπορέσετε να τη δείτε. με την ένδειξη «Συστατική για τον/την υποψήφιο/α κ. (ΕΠΩΝΥΜΟ) του ΔΠΜΣ «ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ»

2. να γίνει μέχρι και πριν τη λήξη της προθεσμίας υποβολής των αιτήσεων

3. να γίνει από διεύθυνση e-mail του φορέα στον οποίο ανήκει/εργάζεται ο συντάκτης

4. να περιλαμβάνει την ιδιότητα και πλήρη στοιχεία επικοινωνίας του συντάκτη

Προθεσμία

Υποβολή της αίτησης και των δικαιολογητικών μέχρι και την 20/5/2020.

Οι συνεντεύξεις θα πραγματοποιηθούν στην Ιατρική Σχολή του Πανεπιστημίου Κρήτης στο Ηράκλειο. Για την ημερομηνία και το αναλυτικό πρόγραμμα των συνεντεύξεων, οι υποψήφιοι θα ενημερωθούν από τη Γραμματεία μέσω e-mail. Για οποιαδήποτε πληροφορία, απευθυνθείτε στη Γραμματέα του ΔΠΜΣ, Μαρία Πανάγου (Αυτή η διεύθυνση ηλεκτρονικού ταχυδρομείου προστατεύεται από τους αυτοματισμούς αποστολέων ανεπιθύμητων μηνυμάτων. Χρειάζεται να ενεργοποιήσετε τη JavaScript για να μπορέσετε να τη δείτε.), τηλ. 2810 394526

Ο Διευθυντής του ΔΠΜΣ

Καθηγητής Νεκτάριος Ταβερναράκης

Ο Κοσμήτορας της Ιατρικής Σχολής

Καθηγητής Γεώργιος Μ.Κοντάκης

Tagged under:

Published in Γενικά

Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών στη Βιοπληροφορική

Αντικείμενο του Π.Μ.Σ.

είναι η παροχή υψηλού επιπέδου μεταπτυχιακής εκπαίδευσης στη Βιοπληροφορική. Πρωταρχικός σκοπός του ΠΜΣ είναι η δημιουργία στελεχών με υψηλό επίπεδο κατάρτισης στο επιστημονικό πεδίο της Βιοπληροφορικής. Συγκεκριμένα το ΠΜΣ θα προετοιμάζει τους φοιτητές και θα τους παρέχει εμπειρία και τεχνογνωσία είτε να ακολουθήσουν μια σταδιοδρομία στον ιδιωτικό τομέα, σε εργαστήρια που χρειάζονται άτομα με γνώσεις Βιοπληροφορικής για ανάλυση μεγάλου όγκου Βιοϊατρικών δεδομένων, είτε στη δημιουργία στελεχών που θα μπορούν να ασχοληθούν με την έρευνα και με τη διδασκαλία στο χώρο της Βιοπληροφορικής στον ακαδημαϊκό/ερευνητικό τομέα και στην απόκτηση διδακτορικού διπλώματος

Εισακτέοι

Στο ΠΜΣ γίνονται δεκτοί πτυχιούχοι Τμημάτων πανεπιστημίων της ημεδαπής ή ομοταγών Ιδρυμάτων της αλλοδαπής, ενδεικτικά προερχόμενοι από τα Τμήματα: (α) Ιατρικής, Οδοντιατρικής, Φαρμακευτικής, Νοσηλευτικής και άλλων Τμημάτων Επιστημών Υγείας ∙ (β) Βιολογίας, Φυσικής, Μαθηματικών, Χημείας και άλλων Τμημάτων συναφών αντικειμένων (γ) Επιστήμης Υπολογιστών, ή Τμημάτων Πολυτεχνικών Σχολών ή και άλλων Τμημάτων συναφών αντικειμένων, καθώς και Τμημάτων Τ.Ε.Ι συναφούς με το Πρόγραμμα αντικειμένου.

ΑΝΑΚΟΙΝΩΣΕΙΣ

3 Ιουνίου 2021
«Το Διιδρυματικό Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών στη Βιοπληροφορική της Ιατρικής Σχολής του Πανεπιστημίου Κρήτης και του Ιδρύματος Τεχνολογίας & Έρευνας (ΙΤΕ) ενόψει της αναδιοργάνωσης και αναβάθμισης του δεν θα δεχτεί φοιτητές για το ακαδημαϊκό έτος 2021-2022. Για οποιεσδήποτε νεότερες εξελίξεις σχετικά με τη πρόσκληση νέων φοιτητών στο Πρόγραμμα θα εκδοθεί νεώτερη ανακοίνωση. Πληροφορίες μπορούν να αναζητηθούν στην ιστοσελίδα του Προγράμματος»

Tagged under:

Published in Γενικά